经济研究所的前身是中国科学院上海经济研究所，成立于1956年。1958年9月，经济研究所并入新组建的上海社会科学院，主要从事政治经济学、经济史、经济思想史等基础理论研究。近年来，经济研究所顺应国家高端智库建设，注重学科建设与智库发展双轮驱动，强调理论与实践相结合，重点研究我国社会主义改革开放和发展中出现的大量理论和实践问题，并积极参与政府政策咨询和企业改革的实践，为上海市人民政府、长江三角洲的地方政府以及各类企业提供决策咨询服务。因此，成为决策咨询思想库，解决政府、企业所面临的实际问题是本学科的最大特色。同时，本学科重视国际学术交流，与联合国国法组织、世界银行等国际组织以及美国、俄罗斯、日本、印度、新加坡、台湾等国家和地区的科研、智库机构有着经常性的交流和联系。在交流过程中，一方面重视对国际知名智库学习与借鉴，一方面聚焦于经济改革与转型、“一带一路”与“自贸区”建设等重大实际问题，为提升自身的智库能力提供支撑。
经济研究所拥有两个一级学科学位点，分别为：理论经济学一级学科博士点、硕士点；统计学一级学科硕士点。二级学科方向包括：政治经济学、经济思想史、经济史、西方经济学、人口资源与环境经济学、社会经济统计学等。在研究生培养方面注重马克思经济理论和现代经济理论及方法的学习和研究，强调理论联系中国改革发展的实际、现实与历史相结合的学术研究特色，培养适应21世纪中国经济社会发展所需要的优秀人才。