上海社科院经济学研究起步于20世纪50年代，改革开放以来，上海社科院应用经济所（前身为部门经济研究所）已有近40年的应用经济学学科建设经验，自1979年起开始招收应用经济方面的硕士研究生，1981年成为全国首批硕士学位授予单位。1998年经国家学位办批准获产业经济学博士点，2001年设应用经济学博士后流动站，2005年获应用经济学一级学科硕士点。本学位授权点现有专任教师60人，高级职称占教师队伍比例的88%，中青年教师占51%，教师队伍中85%以上的拥有博士学位，30%以上教师拥有3个月以上在海外高校和科研单位学习与工作的经历。近40年来，应用经济研究所先后共招收硕士研究生近800名，招收博士研究生超过200名，毕业生的培养质量也受到用人单位与社会各界的好评，许多人取得了优异的工作业绩。
在长期的应用经济学学科建设过程中，上海社科院应用经济研究所始终坚持理论前沿和现实前沿相结合，突出问题导向、理论支撑、现实应用为目标的学科定位，始终聚焦现实问题的应用经济学研究。改革开放以来上海经济发展战略和经济改革的每一次重要突破，都包含着上海社科院应用经济所的重要贡献。20世纪80年代，应用经济所牵头组织的上海经济发展战略研究，上海市政府主要领导亲自参与，国务院领导高度重视，形成了国务院会议纪要，成为上海改革发展的奠基之作；最早系统研究浦东开发开放，长期关注上海国资国企改革，在上海四个中心建设、上海自贸区、上海科创中心建设等重大战略研究中，上海社科院应用经济所都做出重大贡献。
在学科理论研究创新方面，在产业经济学理论、区域和城市经济学理论、创意经济理论等方面，完成了一系列重要研究成果，学科团队研究人员在国内顶级期刊发表一系列论文，出版了《产业经济学》、《区域经济学》、《城市经济学》、《创意产业》、《房地产经济学》、《旅游管理》等体现学科体系框架和应用经济理论的专著150多部，以及数以千计的应用经济研究论文。其中，两大成果分别获得第一届和第二届孙冶方经济科学奖，许多论文和专著被评为上海哲学社会科学获奖成果，在学科领域有较大的影响力。